Hauptseminar Bioinformatik (WS 2009/10)

Aktuelle Hinweise

Der erste Vortrag entfällt. Regulärer Beginn ist nun die zweite Woche im neuen Semester. Bitte denken Sie daran rechtzeitig Vorbesprechungstermine zu vereinbaren. Eine Zusammenarbeit mit Ihrem Co-Referenten ist hierbei erwünscht, idealerweise können Sie beide zu diesen Terminen kommen.
Wir bitten Sie zudem generell die angegebenen Publikationen im Vorfeld zu lesen -- auch wenn Sie keinen Vortrag halten müssen -- um möglichst facettenreiche Diskussionen zu erreichen.
Formaler Rahmen: Die erste Vorbesprechung ist spätestens drei Wochen vor dem Vortragstermin mit dem jeweiligen Betreuer zu halten. Ein Folienentwurf soll hier bereits vorliegen. Die fertigen Folien müssen eine Woche vor dem Vortrag vorgelegt und besprochen werden. Anderenfalls kann kein Vortrag mehr gehalten werden.

Dozent:: Ralf Zimmer
Betreuer:: Florian Erhard; Tobias Petri; Konrad Schreiber; Lukas Windhager
Zeit und Ort:
Beschreibung:: Dieses Hauptseminar beschäftigt sich mit aktuellen Problemen und Fragestellungen der Bioinformatik. Dazu werden aktuelle Veröffentlichungen aus verschiedenen Themenbereichen herangezogen. Ziel ist eine detailierte und kritische Auseinandersetzung mit den in wissenschaftlichen Publikationen vorgestellten Methoden und Ergebnissen. Aus diesem Grund wird sich jeder Vortrag in diesem Hauptseminar mit jeweils mindestens zwei aktuellen Publikationen befassen mit dem Ziel die darin vorgestellten Ansätze, Methoden und Ergebnisse einer kritischen Evaluation zu unterziehen.
Folien der Vorbesprechung (Achtung: NEUE TERMINE (5.8.2009)

Themenblock: Interaction Networks, Inference and Application

Datum:entfällt	Vortragende/r: -- Ko-Referat: -- Thema: Anwendungsbereiche und Algorithmen. Paper: Sharan, R.; Ulitsky, I. & Shamir, R. Network-based prediction of protein function. Mol Syst Biol, School of Computer Science, Tel Aviv University, Tel Aviv, Israel., 2007, 3, 88 Hart, G. T.; Ramani, A. K. & Marcotte, E. M. How complete are current yeast and human protein-interaction networks Genome Biol, Center for Systems and Synthetic Biology, Institute for Cellular and Molecular Biology, University of Texas at Austin, 2500 Speedway, Austin, TX 78712, USA., 2006, 7, 120 Betreuer: Tobias Petri
Datum: 26.10.2009	Vortragende/r: Martin Lechner Ko-Referat: Andreas Kolberg Thema: Netzwerk-Inferenz aus Zeitreihen Paper: Bar-Joseph, Z. Analyzing time series gene expression data. Bioinformatics, School of Computer Science, Carnegie Mellon University, Pittsburgh, PA 15217, USA. zivbj * at * cs.cmu.edu, 2004, 20, 2493-2503 Hirose, O.; Yoshida, R.; Imoto, S.; Yamaguchi, R.; Higuchi, T.; Charnock-Jones, D. S.; Print, C. & Miyano, S. Statistical inference of transcriptional module-based gene networks from time course gene expression profiles by using state space models. Bioinformatics, Human Genome Center, Institute of Medical Science, University of Tokyo, 4-6-1 Shirokanedai, Minato-ku, Tokyo, 108-8639, Japan., 2008, 24, 932-942 Zhao, W.; Serpedin, E. & Dougherty, E. R. Inferring gene regulatory networks from time series data using the minimum description length principle. Bioinformatics, M University, College Station, TX 77843-3128, USA. wtzhao * at * ece.tamu.edu, 2006, 22, 2129-2135 Betreuer: Tobias Petri
Datum: 02.11.2009	Vortragende/r: Sasha Badbanchi Ko-Referat: Anke Regner Thema: Modul-Detektion in Netzwerken Paper: Grafahrend-Belau, E.; Schreiber, F.; Heiner, M.; Sackmann, A.; Junker, B. H.; Grunwald, S.; Speer, A.; Winder, K. & Koch, I. Modularization of biochemical networks based on classification of Petri net t-invariants. MC Bioinformatics, Technical University of Applied Sciences Berlin, FB VI/FB V, Bioinformatics/Biotechnology, Seestr, 64, 13347 Berlin, Germany. grafahr * at * ipk-gatersleben.de, 2008, 9, 90 Ulitsky, I. & Shamir, R. Identification of functional modules using network topology and high-throughput data. BMC Syst Biol, School of Computer Science, Tel Aviv University, Tel Aviv 69978, Israel. ulitskyi * at * tau.ac.il, 2007, 1, 8 Betreuer: Tobias Petri

Themenblock: - Alternative Splicing

Datum: 9.11.2009	Vortragende/r: Markus Meier Ko-Referat: Martin Lechner Thema: Influence of Alternative Splicing on Protein Structure Paper: Tress ML, Martelli PL, Frankish A, Reeves GA, Wesselink JJ, Yeats C, Olason PI, Albrecht M, Hegyi H, Giorgetti A, Raimondo D, Lagarde J, Laskowski RA, López G, Sadowski MI, Watson JD, Fariselli P, Rossi I, Nagy A, Kai W, Størling Z, Orsini M, Assenov Y, Blankenburg H, Huthmacher C, Ramírez F, Schlicker A, Denoeud F, Jones P, Kerrien S, Orchard S, Antonarakis SE, Reymond A, Birney E, Brunak S, Casadio R, Guigo R, Harrow J, Hermjakob H, Jones DT, Lengauer T, Orengo CA, Patthy L, Thornton JM, Tramontano A, Valencia A. The implications of alternative splicing in the ENCODE protein complement. PNAS, 2007 Vol. 104(13), pp. 5494-5500 Birzele, F., Csaba, G. & Zimmer, R. Alternative splicing and protein structure evolution. Nucleic Acids Res, 2008 Vol. 36(2), pp. 550-558 Melamud, E. & Moult, J. Structural implication of splicing stochastics. Nucleic Acids Res, 2009 (June 22) Melamud, E. & Moult, J. Stochastic noise in splicing machinery. Nucleic Acids Res, 2009 (June 22) Betreuer: Konrad Schreiber
Datum: 16.11.2009	Vortragende/r: Andreas Kolberg Ko-Referat: Sasha Badbanchi Thema: The Regulatory Code of Alternative Splicing Paper: Wang, Z.; Burge, C. Splicing regulation: from a parts list of regulatory elements to an integrated splicing code. RNA, 2008, Vol. 14(5), pp. 802-813 Friedman, B.A., Stadler, M.B., Shomron, N., Ding, Y. & Burge, C.B. Ab initio identification of functionally interacting pairs of cis-regulatory elements. Genome Res, 2008, Vol. 18(10), pp. 1643-1651 Ule, J., Stefani, G., Mele, A., Ruggiu, M., Wang, X., Taneri, B., Gaasterland, T., Blencowe, B.J. & Darnell, R.B. An RNA map predicting Nova-dependent splicing regulation. Nature, 2006, Vol. 444(7119), pp. 580-586 Voelker, R.B. & Berglund, J.A. A comprehensive computational characterization of conserved mammalian intronic sequences reveals conserved motifs associated with constitutive and alternative splicing. Genome Res, 2007, Vol. 17(7), pp. 1023-10331 Betreuer: Konrad Schreiber
Datum: 23.11.2009	Vortragende/r: Anke Regner Ko-Referat: Cedric Landerer Thema: Tissue Specific Splicing Paper: Wang; Sandberg; Luo; Khrebtukova; Zhang; Mayr; Kingsmore; Schroth; Burge Alternative isoform regulation in human tissue transcriptomes Nature 456, 470-476 (November 2008) Pan Q, Shai O, Lee LJ, Frey BJ, Blencowe BJ. Deep surveying of alternative splicing complexity in the human transcriptome by high-throughput sequencing. Science 31(5891), 956-960 Sultan M, Schulz MH, Richard H, Magen A, Klingenhoff A, Scherf M, Seifert M, Borodina T, Soldatov A, Parkhomchuk D, Schmidt D, O'Keeffe S, Haas S, Vingron M, Lehrach H, Yaspo ML. A global view of gene activity and alternative splicing by deep sequencing of the human transcriptome. Nature Genetics 40(12), 1413-15 Tress, M.L., Bodenmiller, B., Aebersold, R. & Valencia, A. Proteomics studies confirm the presence of alternative protein isoforms on a large scale. Genome Biol, 2008, Vol. 9(11), pp. R162 Birzele, F., Zimmer, R. Alternative Splicing and Proteome Complexity in Mass Spectrometry Data submitted. (Paper gibt's auf Anfrage) Betreuer: Konrad Schreiber

Themenblock: Massspec / miRNA target prediction

Datum: 30.11.2009	Vortragende/r: Jakob Betke Ko-Referat: Florian Seifert Thema: Massenspektrometrie, MaxQuant Paper: Colinge J, Bennett KL. Introduction to computational proteomics. PLoS Comput Biol 2007, 3(7): e114 Cox, J. and Mann, M. MaxQuant enables high peptide identification rates, individualized p.p.b.-range mass accuracies and proteome-wide quantification Nature Biotechnology 2008, 26, 1367 - 1372 . Betreuer: Florian Erhard
Datum: 7.12.2009	Vortragende/r: Kerstin Lahr Ko-Referat: Max Liebkies Thema: miRNA target prediction: Einfuehrung, RNAhybrid Paper: Lin He, Gregory J.Hannon. MicroRNAs: Small RNAs with a big role in gene regulation. Nature Reviews Genetics, 2004, 5, 522 - 531. Dominic Didiano, Oliver Hobert: Molecular architecture of a miRNA-regulated 3' UTR. RNA July 2008 14: 1297-1317 Marc Rehmsmeier, Peter Steffen, Matthias Hoechsmann, Robert Giegerich: Fast and effective prediction of microRNA/target duplexes, RNA October 2004 10: 1507-1517 Betreuer: Florian Erhard
Datum: 14.12.2009	Vortragende/r: Battal Ates Ko-Referat: Rupert Hofmarksrichter Thema: miRNA target prediction: PITA und Kritiken Paper: Michael Kertesz, Nicola Iovino, Ulrich Unnerstall, Ulrike Gaul, Eran Segal: The role of site accessibility in microRNA target recognition, Nature Genetics 39, 1278 - 1284 (2007) Kevin Chen, Jonas Maaskola, Mark L. Siegal, Nikolaus Rajewsky: Reexamining microRNA Site Accessibility in Drosophila: A Population Genomics Study, PLoS ONE 4(5): e5681. doi:10.1371/journal.pone.0005681 Matthias Selbach, Bjoern Schwanhaeusser, Nadine Thierfelder, Zhuo Fang, Raya Khanin & Nikolaus Rajewsky: Widespread changes in protein synthesis induced by microRNAs, Nature, 2008, 455, 58 - 63 Betreuer: Florian Erhard

Themenblock: Systems Biology

Datum: 21.12.2009	Vortragende/r: Cedric Landerer Ko-Referat: Jakob Betke Thema: Deterministic Modeling of Biological Systems Paper: Aldridge BB, Burke JM, Lauffenburger DA, Sorger PK. Physicochemical modelling of cell signalling pathways. Nat Cell Biol. 2006;8(11):1195-1203. (REVIEW) Klipp E, Herwig R, Kowald A, Wierling C, Lehrach H. Systems Biology in Practice. Wiley-VCH; 2005:225-256 (BUCH) Gershenfeld N. The Nature of Mathematical Modeling. Cambridge University Press; 1999:67-77 (BUCH) Betreuer: Lukas Windhager
Datum: 18.1.2010	Vortragende/r: Florian Seifert Ko-Referat: Kerstin Lahr Thema: Boolean Network Models and Robustness Paper: Bornholdt S. Boolean network models of cellular regulation: prospects and limitations. J R Soc Interface. 2008;5 Suppl 1:S85-94. (REVIEW) Garg A, Mohanram K, Di Cara A, De Micheli G, Xenarios I. Modeling stochasticity and robustness in gene regulatory networks. Bioinformatics. 2009;25(12):i101-109. Willadsen K, Wiles J. Robustness and state-space structure of Boolean gene regulatory models. Journal of Theoretical Biology. 2007;249(4):749-765. Betreuer: Lukas Windhager
Datum: 25.1.2010	Vortragende/r: Max Liebkies Ko-Referat: Battal Ates Thema: Fuzzy Logic Based Models Paper: Aldridge BB, Saez-Rodriguez J, Muhlich JL, Sorger PK, Lauffenburger DA. Fuzzy Logic Analysis of Kinase Pathway Crosstalk in TNF/EGF/Insulin-Induced Signaling. PLoS Comput Biol. 2009;5(4):e1000340. Windhager L, Zimmer R. Intuitive Modeling of Dynamic Systems with Petri Nets and Fuzzy Logic. Lecture Notes in Informatics, vol P-136, pp. 106-115, Gesellschaft für Informatik, 2008. Michels K, Klawonn F, Kruse R, Nürnberger A. Fuzzy-Regelung. Springer; 2002:420. (BUCH) Betreuer: Lukas Windhager
Datum: 1.2.2010	Vortragende/r: Rupert Hofmarksrichter Ko-Referat: Christian Lang Thema: Petri Net Models and Timed Simulation Paper: Chen L, Qi-Wei G, Nakata M, Matsuno H, Miyano S. Modelling and simulation of signal transductions in an apoptosis pathway by using timed Petri nets. Journal of Biosciences. 2007;32(1):113-127. Junker BH, Schreiber F. Analysis of Biological Networks. Wiley-Interscience; 2008:139-179. (BUCH)) Betreuer: Lukas Windhager

Material

Folien zur Vorbesprechung: 090805_HS_Vorbesprechung.pdf

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Themenblock: Massspec / miRNA target prediction

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